PCR kỹ thuật số có thật sự tốt hơn Real-time PCR?

Trong bài viết gần đây, tôi đã trình bày với bạn đọc như thế nào là PCR kỹ thuật số và một số ưu điểm nổi bật của nó. Ngoài ra, các bạn cũng có thể tìm hiểu sâu hơn về quy trình PCR kỹ thuật số của hãng Bio-Rad hay còn gọi là PCR vi giọt kỹ thuật số (Droplet Digital PCR, ddPCR) ở đây. Vậy, khi đã đọc xong hai bài viết trên, liệu bạn có tự hỏi rằng “Khi nào nên dùng PCR kỹ thuật số và khi nào thì nên dùng Real-time PCR?” Bạn sẽ tìm thấy câu trả lời trong bài viết dưới đây. Trước tiên, chúng ta cần điểm lại những điểm mạnh của kỹ thuật Real-time PCR truyền thống và PCR kỹ thuật số.

Điểm mạnh của PCR kỹ thuật số và Real-time PCR

Ra đời sau Real-time PCR một thời gian dài, kỹ thuật PCR kỹ thuật số được giới khoa học ca ngợi là một công cụ hoàn hảo, giúp con người vượt qua những giới hạn trong việc định lượng DNA hay RNA. Tuy nhiên, theo tôi, không nên gán ghép mỹ từ “hoàn hảo” cho PCR kỹ thuật số và cần có cái nhìn chi tiết, thận trọng hơn về kỹ thuật này.

Qua Bảng 1 trên, các bạn có thể thấy điểm mạnh của kỹ thuật PCR kỹ thuật số nằm ở độ chính xác và độ nhạy. Tính chính xác của kỹ thuật này một phần nhờ vào khả năng vận hành không cần đường chuẩn và ít bị ảnh hưởng bởi các chất ức chế phản ứng PCR. Tuy nhiên, nếu bạn cần một kỹ thuật có công suất cao với chi phí vận hành thấp và thời gian trả kết quả ngắn thì bạn nên cân nhắc đến Real-time PCR thay vì PCR kỹ thuật số.

Khi nào nên dùng PCR kỹ thuật số thay vì Real-time PCR

Để triển khai thành công một kỹ thuật sinh học phân tử, chúng ta cần biết những ưu cũng như nhược điểm của nó. Từ đó, chúng ta có thể cân nhắc đến tính phù hợp giữa kỹ thuật với vấn đề cần giải quyết. Ví dụ, kỹ thuật PCR kỹ thuật số có điểm mạnh về độ nhạy nên nó rất phù hợp cho việc phát hiện các gen mang đột biến lưu hành trong dòng máu bệnh nhân ở hàm lượng cực thấp (sinh thiết lỏng). Ngược lại, khi cần phát hiện các tác nhân gây bệnh như HBV, HCV gây viêm gan B/C, kỹ thuật thuật này sẽ trở nên “quá tay” và cũng không đáp ứng được về mặt công suất xét nghiệm. Đây là lãnh địa riêng của kỹ thuật Real-time PCR mà khó có một kỹ thuật nào chen chân vô được. Bảng 2 bên dưới nêu những ứng dụng phù hợp với PCR kỹ thuật số cũng như Real-time PCR. Độ phù hợp tăng dần theo số lượng chấm xanh lá.

Qua Bảng 2 ở trên, chúng ta có thể thấy PCR kỹ thuật số rất phù hợp cho các ứng dụng phát hiện đột biến điểm hay SNP, phát hiện các sự kiện biến đổi gen và phát hiện biến thể số lượng bản sao của gen (CNV). Ngược lại kỹ thuật Real-time PCR thì phù hợp với những ứng dụng đơn giản nhưng đòi hỏi công suất phân tích mẫu cao như phát hiện tác nhân gây bệnh, nghiên cứu biểu hiện gen, phát hiện siRNA, miRNA hay lncRNA. Trong những bài viết sắp đến, chúng ta sẽ đi tìm hiểu chi tiết của những ứng dụng này.

Như vậy, câu trả lời tốt nhất cho câu hỏi ở tựa bài viết sẽ là “Còn tùy vào ứng dụng!” 🙂

Bài viết thuộc bản quyền của Sinh Học Phân Tử Bên Giảng Đường.